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和菓子は、千年を超える歴史があり、組合活動の歴史は古く、江戸時代には既に表店を中心とした組合活動が行われていた。
また、明治18年7月には、当時施行されていた菓子税の撤廃に向けて全国各地の同業者が結束し、組合を組織して、建白書を提出するなどしている。
やがて、昭和15年の米穀や小麦粉の配給統制、次いで昭和16年に砂糖統制法の公布などにより統制組合が発足し、事実上、それ以前に存在していた組合は姿を消した。
全国和菓子協会（設立当時全国生菓子協会）は、終戦後の混乱さめやらぬ昭和25年6月に「全国の生菓子業者がお互いの健康や無事を確かめあい親睦を重ねると共に、業界の振興発展のために協力することが必要」とする考え方に共鳴する同業者が集まり、初代会長黒川武雄のもとに設立された。
設立後の活動は、当初は親睦を重視したものであったが、昭和36年に和生菓子業者のシンボルマークとして「和菓子マーク」（東京和生菓子商工業協同組合商標登録済）を制定したことから組織強化を行い事業の活性化を図り、店頭掲示用のポスターの制作配布をはじめ、「和菓子愉しむ展」の開催などを行った。
又、昭和54年6月16日を第1回として「和菓子の日」を制定し、積極的にPR活動を行っている他、和菓子の健康性や文化性を訴えるための消費者対象の講演会、セミナー、シンポジウム、手づくり和菓子教室などをのべ100回以上開催するなど活発な事業活動を行い今日に至っている。